Nach dem Abitur 1907 in München absolvierte Schäffer ein Studium der Rechts- und Staatswissenschaften in München, welches er 1911 mit dem ersten und 1916 mit dem zweiten juristischen Staatsexamen beendete. Von 1915 bis 1917 nahm er als Soldat am Ersten Weltkrieg teil. 1917 wurde er dann Assessor in dem bayerischen Innenministerium und 1918 Bezirksamtsassessor in Kehlheim, bevor er 1920 Oberregierungsrat in dem Ministerium für Unterricht und Kultus wurde. Nach seiner Entlassung aus dem Staatsdienst wurde er 1934 als Rechtsanwalt zugelassen.

Von 1918 bis zur ihrer Auflösung 1933 war Schäffer Mitglied der Bayerischen Volkspartei (BVP). Ab 1929 war er Vorsitzender der BVP.
1945 gehörte er zu den Mitbegründern der CSU. Wegen eines innerparteilichen Führungsstreits trat er am 14.09 1948 jedoch wieder aus der CSU aus. Er wurde dann 1949 aber erneut Mitglied der CSU.

Von 1920 bis 1933 war er Mitglied des Bayerischen Landtages.
Von 1949 bis 1961 war Schäffer Mitglied des Deutschen Bundestages. Er war in diesen Jahren direkt gewählter Abgeordneter des Wahlkreises Passau. Von 1949 bis 1953 war er Vorsitzender der CSU-Landesgruppe in dem Deutschen Bundestag. Aus Altersgründen schloss er eine erneute Kandidatur zu dem Deutschen Bundestag bei der Bundestagswahl 1961 aus.

Von 1931 bis 1933 war er als Staatsrat mit der Führung der Geschäfte des Finanzministeriums beauftragt.
Vom 28.05 bis zu dem 28.09 1945 war er der erste, von der amerikanischen Militärregierung eingesetzte, Bayerische Ministerpräsident nachdem Zweiten Weltkrieg. In dieser Zeit leitete er auch das Bayerische Finanzministerium.
Am 20.09 1949 wurde er als Bundesminister der Finanzenins Kabinett von Bundeskanzler Konrad Adenauer berufen. Nach der Bundestagswahl 1957 wurde er am 29.10 1957 zu dem Bundesminister der Justiz ernannt. Da er mit der Bundestagswahl 1961 die Politik verlassen wollte, schied er auch am 14.11 1961 aus der Bundesregierung aus.

• Kabinett Adenauer I Kabinett Adenauer II Kabinett Adenauer III

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